При этом вышестоящему налоговому органу предоставлено право при рассмотрении апелляционной жалобы, в случае установления существенных нарушений процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки, являющихся основанием для отмены решения, рассмотреть материалы проверки с соблюдением прав лица, в отношении которого проводилась налоговая проверка, устранить выявленные нарушении, отменить решение нижестоящего налогового органа и принять по делу новое решение.

Кроме того, пленум ВАС РФ разъяснил, что если налогоплательщиком в жалобе, направлявшейся в вышестоящий налоговый орган, не были заявлены доводы о нарушении инспекцией существенных условий процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки, такого рода доводы могут быть не приняты судами во внимание при рассмотрении заявления налогоплательщика.

Таким образом, если, по мнению налогоплательщика, его права нарушены в связи с несоблюдением инспекцией существенных условий процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки, то такие доводы необходимо указать в жалобе, направляемой в вышестоящий налоговый орган.

Такие разъяснения приводит ФНС РФ на ведомственном сайте.